Helsingin eri alueiden välillä on huomattavia eroja sairastavuudessa. Sairastavuus vaihtelee Helsingin alueiden välillä huomattavasti senkin jälkeen, kun alueiden erilaisten ikärakenteiden vaikutukset on otettu huomioon. Eteläisessä, Pohjoisessa ja Kaakkoisessa suurpiirissä sairastavuus on kaupungin keskiarvoa vähäisempää. Läntisessä suurpiirissä ollaan koko kaupungin sairastavuuden tasolla ja Keskisessä, Koillisessa ja Itäisessä suurpiirissä sairastavuus on yleisempää.
Kaikkein vähäisintä sairastavuus on Kulosaaressa, Ullanlinnassa, Vironniemellä ja Lauttasaaressa, yleisintä puolestaan Myllypurossa, Mellunkylässä, Pukinmäessä, Alppiharjussa ja Jakomäessä. Alueilla, joilla sairastavuusindeksi on pieni, on myös vähäinen määrä kansantauteja, ja päinvastoin. Alueelliset erot sairastavuudessa johtuvat pääsääntöisesti sosioekonomisista syistä, eivätkä niinkään siitä, että asuinympäristö itsessään lisäisi asukkaiden sairastavuutta. Esimerkiksi koulutus, tulot ja työttömyys ovat yhteydessä väestön terveydentilaan eli hyvätuloiset ovat keskimäärin terveempiä ja pienituloiset sairaampia. Suurin osa terveydessä esiintyvistä alue-eroista johtuukin siitä, että hyvätuloiset asuvat useammin samoilla alueilla ja pienituloiset toisilla alueilla.
Helsingin sairastavuusindeksi on jo pitkään ollut selvästi koko maan arvoa pienempi. Peräti 96 prosenttia Helsingin väestöstä asui alueella, jossa sairastavuus oli koko maata alhaisempi. Vain Pukinmäessä, Alppiharjussa ja Jakomäessä sairastavuus on koko Suomen keskiarvoa suurempaa. TL
